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Phredクオリティスコアは、自動DNAシークエンシング用のプログラムPhredに用いられているベースコールのスコアである。 Phredクオリティスコアはトレースからベースコールを行う際に、各塩基に付けられる。DNAの塩基配列の品質を表す 指標としてPhredクオリティスコアは広く普及しており、シークエンシング手法間での精度の比較などにも用いられている。 また、Phredクオリティスコアが非常に重要な役割を果たす用途としては、クオリティを利用した配列アセンブリングがある。 == 歴史 == クオリティスコアの考え方は元をたどればSCF形式までさかのぼることができる。SCFファイル形式はStadenのグループが1992年に考案したものである。〔Dear S, Staden R (1992): A standard file format for data from DNA sequencing instruments. DNA Sequence, 3, 107-110. PMID 1457811〕 1995年にBonfieldとStadenは、DNAシークエンシングプロジェクトにおいて塩基単位のクオリティスコアをコンセンサス配列の精度の改善に使う手法を提唱した。 〔Bonfield JK, Staden R (1995): The application of numerical estimates of base calling accuracy to DNA sequencing projects. Nucleic Acids Res. 1995 Apr 25;23(8):1406-10. PMID 7753633〕 しかし初期の頃の塩基単位でクオリティスコアを予測しようという試みは、あまりうまくいかなかった。 最初に成功を収めたのがPhredというプログラムである。Phredは非常に高い精度でクオリティスコアを算出でき、実際にエラーの確率とよく対応していた。Phredは速やかに主要なゲノムシークエンシングセンターから、各研究室に至るまで広く使われるようになった。ヒトゲノム計画では、そのDNA配列の大部分がPhredを使用して処理されたことになる。 DNAの塩基配列決定において、Phredクオリティスコアが不可欠となった後、Li-CorやABIなどのDNAシーケンサーのメーカーは彼らのベースコール用ソフトウェアで同様のクオリティスコアを出力できるように開発するようになった。 抄文引用元・出典: フリー百科事典『 ウィキペディア（Wikipedia）』 ■ウィキペディアで「Phredクオリティスコア」の詳細全文を読む スポンサード リンク
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