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ショットガン・シークエンシング法 : ミニ英和和英辞書
ショットガン・シークエンシング法[しょっとがんしーくえんしんぐほう]
=====================================
〔語彙分解〕的な部分一致の検索結果は以下の通りです。

: [ちょうおん]
 (n) long vowel mark (usually only used in katakana)
: [ほう]
  1. (n,n-suf) Act (law: the X Act) 

ショットガン・シークエンシング法 : ウィキペディア日本語版
ショットガン・シークエンシング法[しょっとがんしーくえんしんぐほう]
ショットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。
まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。
このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。
最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。
簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。
元の配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX
第1回のショットガン配列 : XXXAGCATGCTGCAG
TCATGCTTAGGCTAXXXX
第2回のショットガン配列 : TTAGGCTAXXXX
XXXAGCATGCTGCAGTCATGC
再構築された配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX
実際に適用する際は数千から数百万件の配列を扱うことになり、またデータ中には転写やシークエンシングなどのエラーも入ってくる。
このため実際のプロジェクトでこれらのアライメントの計算を行うには膨大な計算機資源が要求される。
2000年にはショットガン・シークエンシング法は、セレラ・ジェノミクス社によって
ヒトのゲノムヒトゲノム計画)にも適用されており、そこではヒトのDNAを正確に
アライメントするために幾つものスーパーコンピュータが数ヶ月にも亘ってフル稼働したとされる。

== 関連項目 ==

* DNAシークエンシング


抄文引用元・出典: フリー百科事典『 ウィキペディア(Wikipedia)
ウィキペディアで「ショットガン・シークエンシング法」の詳細全文を読む




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